Koko tietokone voidaan tarkistaa muutamassa minuutissa, minkä jälkeen erilaisia turhia tiedostoja saa poistettua kerralla ja lopullisesti.
System Ninjalla voi paitsi etsiä tietynlaisia tiedostoja niin myös valita puhdistuksen kohteeksi jonkin yksittäisen kansion.
Ohjelmassa on oma työkalunsa niin Windowsin rekisterin siivoamiseen turhista merkinnöistä kuin ohjelmien poistamiseenkin. Työkalua käyttämällä voi varmistaa, että tarpeettomat ohjelmat poistetaan kokonaan niin, ettei nistä jää rippeitä kiintolevylle.
Ohjelma on KotiMikron cd-levyllä ja ohjelman voi ladata myös valmistajan sivuilta.